关于天然井的形成，当地人比较喜欢的一个说法是6500万年前一颗巨型陨石撞击地球，导致了恐龙的灭绝，现在的墨西哥湾就是当时撞击的陨石坑所形成的，而陨石撞击后炸裂的碎片在尤卡坦半岛上撞击形成了无数个坑洞，就是今天的天然井。这个说法很有画面感，但不太站得住脚。

地质学家研究发现尤卡坦半岛为石灰岩地质结构，地标岩层的碳酸钙长期和水反应并溶解，经过数百万年，形成了一个又一个的坑洞，雨水和地下水注入坑洞中形成了形态各异的天然井，并且地下水系统又将天然井之间彼此相连，形成了我们眼前的地质奇观。
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